O FONAS deverá ser constituído por um Decreto Presidencial, deverá envolver vários Ministérios ligados muito directamente ao Sector da Água e Saneamento (Energia e Águas, Ambiente, Finanças, Saúde e Educação), sendo presidido pelo MINEA, que, com esses Ministérios constituirão a Comissão Executiva do FONAS (CE). Para além da CE o FONAS terá um Secretariado e constituirá Grupos de Trabalho Temáticos. Poderá ainda constituir um Conselho Consultivo Alargado, de modo a envolver nas suas actividades todas as partes interessas do Sector. O FONAS irá funcionar, fundamentalmente, com dirigentes e quadros técnicos dos Ministérios e outras entidades públicas envolvidas, e com a participação graciosa de Organizações Não governamentais, Doadores, Financiadores, sector privado e muitos outros organismos e entidades da Sociedade Civil.